Shinichi Kudo, detektif SMA yang memiliki kemampuan luar biasa dalam menganalisa kasus-kasus kriminal terkena suatu masalah besar ketika tiba-tiba dirinya menjadi mengecil setelah diberi minum obat misterius, yang kemudian diketahui adalah racun berkode APTX 4869, oleh 2 anggota Organisasi Hitam yaitu Gin dan Vodka. Saat kejadian itu Shinichi dan Ran Mouri sedang berkencan di sebuah taman tema (theme park) yang bernama "Tropical Land". Kemudian, Shinichi bertemu dengan dua orang yang mencurigakan, dan Shinichi pun membuntuti mereka. Karena keasyikan mengintip transaksi gelap yang dilakukan Vodka dengan seorang usahawan, tanpa sadar Shinichi dipukul oleh Gin, dan diberi obat misterius yang dimaksud untuk membunuh Shinichi.
Namun ternyata obat tersebut tidak membunuh Shinichi,