Sinopsis Cerita. .

Shinichi Kudo, detektif SMA yang memiliki kemampuan luar biasa dalam menganalisa kasus-kasus kriminal terkena suatu masalah besar ketika tiba-tiba dirinya menjadi mengecil setelah diberi minum obat misterius, yang kemudian diketahui adalah racun berkode APTX 4869, oleh 2 anggota Organisasi Hitam yaitu Gin dan Vodka. Saat kejadian itu Shinichi dan Ran Mouri sedang berkencan di sebuah taman tema (theme park) yang bernama "Tropical Land". Kemudian, Shinichi bertemu dengan dua orang yang mencurigakan, dan Shinichi pun membuntuti mereka. Karena keasyikan mengintip transaksi gelap yang dilakukan Vodka dengan seorang usahawan, tanpa sadar Shinichi dipukul oleh Gin, dan diberi obat misterius yang dimaksud untuk membunuh Shinichi.

Namun ternyata obat tersebut tidak membunuh Shinichi,
melainkan terjadi efek samping dari obat tersebut yang mengakibatkan tubuhnya mengecil seperti bocah berusia tujuh tahun. Setelah dia sadar tubuhnya menjadi kecil, dia pun memberitahukan bahwa tubuhnya telah menyusut kepada Profesor Agasa, tetangganya yang merupakan seorang peneliti. Mulanya Profesor Agasa tidak percaya, namun karen Shinichi yang tubuhnya mengecil itu menunjukkan kemampuan analisisnya yang luar biasa, maka Profesor Agasa pun percaya bahwa dia adalah Shinichi Kudo yang tubuhnya mengecil.

Karena teman sejak kecil Shinichi, Ran Mouri, memiliki firasat buruk terhadap Shinichi, maka Ran pun mencari- cari Shinichi. Tempat yang pertama dicari Ran adalah rumah Shinichi. Kebetulan Profesor Agasa dan Shinichi yang tubuhnya menyusut ada disana, ketika Ran Mouri menanyakan nama dari bocah kecil yang sebenarnya Shinichi yang tubuhnya menyusut, dia menyebutkan bahwa namanya adalah "Conan Edogawa". Nama "Conan" berasal dari nama pengarang buku detektif terkenal Sherlock Holmes, Sir Arthur Conan Doyle, sedangkan nama "Edogawa" berasal dari nama Edogawa Ranpo. Edogawa RanpoRan Mouri yang berada di daerah Beika. Nama Beika merupakan rujukan dari nama jalan tempat tinggal Sherlock Holmes (Baker Street). adalah pengarang novel detektif yang paling terkenal di Jepang. Conan lalu mulai mencari tahu seluk beluk organisasi misterius tersebut sambil tinggal di rumahnya

Karena mengecilnya tubuh Shinichi, pada mulanya analisis Conan sama sekali tidak dipercaya karena dianggap sebagai anak kecil. Jadi, Conan terpaksa membuat ayah Ran, Kogoro Mouri, yang merupakan seorang detektif payah, untuk memecahkan berbagai kasus kejahatan, dengan harapan dapat melacak jejak organisasi tersebut. Kemudian kisah selanjutnya menjadi semakin rumit dan melibatkan berbagai individu. Conan didaftarkan oleh Profesor Agasa ke dalam SD Teitan sebagai murid kelas 1 SD pindahan dari daerah lain. Sekolah TeiTan merupakan permainan kata dalam bahasa Jepang (TanTei= Detektif). Ran Mouri pernah beberapa kali mencurigai bahwa Conan adalah Shinichi, namun karena kecerdikkan Conan, maka Ran pun percaya bahwa Conan bukanlah Shinichi.

Anggota Organisasi Hitam yang telah diketahui adalah Gin, Vodka, Vermouth, Pisco, Tequilla, Calvados, Chianti, Kir , Kusuda Rikumichi, Akemi Miyano, Sherry, Bourbon, Rye, Hell Angel, serta Big Boss yang selalu ditampilkan secara blur/ kabur dan selalu disebut oleh Gin sebagai Anokata.